W 1993 roku historyk prof. dr Rudolf von Thadden założył z wraz z późniejszą doradczynią Urzędu Kanclerskiego, Brigitte Sauzay Berlińsko-Brandenburski Instytut Współpracy Niemiecko-Francuskiej w Europie (BBi), który przekształcony został następnie w Fundację Genshagen. Celem tych działań, cztery lata po upadku muru, było zainicjowanie dialogu niemiecko-francuskiego także w nowych krajach związkowych. Inicjatorzy pragnęli powołać do życia instytut niemiecko-francuski, a nie niemiecki instytut ds. Francji. Za cel obrano prowadzenie dialogu europejskiego pomiędzy mieszkańcami obydwu krajów. Od samego początku w działalność Instytutu włączano również Polskę.
W 2005 roku BBi został przekształcony w fundację prawa cywilnego. Jej fundatorami są: Rząd Federalny reprezentowany przez Pełnomocnika Rządu Federalnego ds. Kultury i Mediów (BKM) oraz Kraj Związkowy Brandenburgia. W duchu Trójkąta Weimarskiego, Fundacja Genshagen wspiera dialog między Niemcami, Francją i Polską.
W 2009 roku Fundacja poddana została zasadniczej restrukturyzacji, zarówno w odniesieniu do tematyki jak i formatu projektów: powstał nowy obszar działalności Upowszechnianie kultury i sztuki w Europie, natomiast dział Dialog Europejski, który już wcześniej istniał pod tą samą nazwą, nakierowany został na polityczne kwestie związane z przyszłością Europy. Dzięki tej reformie Fundacja zyskała nowe oblicze i stała się w jeszcze większym stopniu niż dotychczas miejscem interdyscyplinarnej wymiany europejskiej. Niezwykle ważna jest jej integracja z gęstą siecią partnerów publicznych i prywatnych w krajach Trójkąta Weimarskiego i innych krajach europejskich.
Pałac Genshagen, który znajduje się pod ochroną konserwatorską, został odrestaurowany i przebudowany w latach 2000-2004. W wyniku tych działań powstało nowoczesne centrum konferencyjne wraz z pokojami gościnnymi, w którym odbywa się większość projektów Fundacji.