En 1993, Rudolf von Thadden, historien, et Brigitte Sauzay, future conseillère à la Chancellerie, fondaient l’« Institut de Berlin-Brandebourg pour la coopération franco-allemande en Europe » (BBi), dont allait émaner la Fondation Genshagen. Quatre ans après la chute du mur, cette initiative se proposait de porter le dialogue franco-allemand jusque dans les nouveaux Länder. C’est bien un institut franco-allemand que les instigateurs voulaient créer et non un institut allemand dédié à l’étude de la France – ses activités devaient avant tout permettre aux citoyens des deux pays de dialoguer au sujet de l’Europe. D’emblée, la Pologne a été associée au travail de l’Institut.
En 2005, le BBi est transformé en fondation de droit public, dont les autorités responsables sont le gouvernement fédéral, représenté par la Déléguée du gouvernement fédéral à la Culture et aux Médias, et le Land de Brandebourg. La Fondation Genshagen encourage le dialogue entre la France, l’Allemagne et la Pologne dans l’esprit du Triangle de Weimar.
En 2009, la Fondation Genshagen connaît une importante restructuration de ses contenus, mais aussi du format de ses projets : le domaine « Dialogue artistique et culturel en Europe » est créé et le domaine « Dialogue européen », qui existait déjà sous ce nom, est réorienté sur les questions liées à l’avenir politique de l’Europe. Cette réforme redéfinit le profil de la fondation, qui affirme encore plus nettement sa vocation de pôle interdisciplinaire d’échange européen. Son insertion dans un réseau dense de partenariats publics et privés du Triangle de Weimar et d’autres pays d’Europe est un atout majeur.
Classé monument historique, le château de Genshagen a été entièrement rénové de 2000 à 2004 et dispose de salles de conférences et de chambres permettant d’accueillir les manifestations de la Fondation Genshagen ainsi que les participants.